تبلیغات
biotechnology & biometry

biotechnology & biometry

انواع مارکرها ( نشانگرها):

مارکرها انواع مختلفی دارند. در یک تقسیم بندی کلی می توان مارکرها را به صورت زیر دسته بندی کرد:

مارکرهای فنوتیپی:

مارکرهای مولکولی:

مارکرهای فنوتیپی همانگونه که از نام آنها مشخص است از روی فنوتیپ ارزیابی می شوند و لذا ارزیابی آنها خیلی ساده است. تعداد این مارکرها کم است و پلی مورفیزم کمی نیز تولید می کنند. از طرفی در اغلب موارد مارکر فنوتیپی در واقع یک صفت نامطلوب است، مثلا کوتولگی بوته، ابلق بودن برگ ها و ... لذا امروزه از این نوع مارکرها استفاده نمی شود.

مارکرهای مولکولی خود به دو دسته تقسیم می شوند.

مارکرهای بیوشیمیایی

مارکرهای DNA

مارکرهای بیوشیمیایی شامل موارد متعددی است. این نوع مارکرها نیز امروزه کارایی زیادی ندارند چرا که تعداد آنها کم بوده و پلی مورفیزم کافی ایجاد نمی کنند، لیکن نکته مثبت در آنها هم بارز بودن است.

این گروه را می توان به دسته های زیر تقسیم کرد:

الف. مولکول های بیوشیمیایی کوچک: مثل ترکیبات فنلی، ترکیبات معطر و ...

ب. پروتئین های ذخیره ای: مثل گلوتنین و گلیادین که در گندم خصوصا در تعیین ارزش نانوایی کاربرد دارد.

ج. آیزوزایم ها: اینها در واقع فرم های مختلف یک آنزیم هستند که یک واکمش را کاتالیز می کنند ولی ممکن است سرعت فعالیت آنها متفاوت باشد. ان مارکرها در دهه 80 کاربرد زیادی داشتند. تنکسلی توانست بر اساس آیزوزایم ها در گوجه فرنگی اولین نقشه لینکاژی را طراحی نماید.

مارکرهای DNA در واقع مهمترین و کاربردی ترین سیستم های مارکری هستند که گستردگی زیادی داشته و هر روزه در حال توسعه و تکامل هستند. از آنجا که در اولین سطح بیان ژن مطرح می شوند، خیلی دقیق بوده، دارای تنوع زیاد و پلی مورفیزم بالا هستند.

براون (1999) مارکرهای DNA را به ساختمان ها و اماکن مهم در یک شهر تشبیه می کرد که می توان نقاط شهر را نسبت به آنها آدرس داد و مکان یابی نمود.

مارکرهای DNA انواع بسیار زیادی دارند. تقسیم بندی رایج به صورت زیر است:

1- مارکرهای مبتنی بر هیبریداسیون

2- مارکرهای مبتنی بر واکنش زنجیرهای پلیمراز (PCR)

بازرترین نوع مارکرهای نوع اول RFLP می باشد. VNTR ها و میکروستلیت ها نیز در این گروه قرار دارند. در این نوع مارکرها یک قطعه DNA نشاندار شده (پروب) جهت هیبریداسیون استفاده می شود. RFLP در سال 1980 توسط Botstain ابداع شد و دقت بسیار زیادی دارد، لیکن امروزه صرفا به دلیل وقت گیر و پر زحمت بودن آن، کمتر استفاده می شود.

مارکرهای مبتنی بر PCR آنهایی هستند که برای آشکار سازی از پرایمر (1 یا 2 پرایمر) استفاده می کنند. این گروه شامل طیف وسیعی از مارکرها می باشد و از آنجا که خیلی سریع قابل انجام هستند، هر روزه گسترش بیشتری می یابند. RAPD، DAF، AFLP، SSR، STS، SCAR، ALP و ... نمونه هایی از این مارکرها هستند.

RAPD: یکی از مهمترین این مارکرهاست. نیازی به داشتن توالی خاصی از DNA ندارد و پرایمرهای آن کاملا تصادفی طراحی می شوند. غالب بودن و عدم تکرار پذیری و همچنین عدم تشخیص سیستم آللی از معایب بزرگ آن می باشد.

AFLP: یکی از کارآمدترین سیستم های مارکری است که توسط Vos و همکاران (1995) ابداع شد و در آن سعی شده است که دقت RFLP و سرعت PCR با هم در یک سیستم جمع شود. مهمترین مشکل آن غالب بودن است.

SSR: شامل طیف وسیعی از مارکرهاست که همگی بر اساس توالی های تکراری ژنوم استوار هستند. میکروستلیت ها توالی های 7-1 نوکلئوتیدی حد اکثر تا 100 بار پشت سر هم تکرار شده اند. تکرارها می تواند AG، AC، GC و ... باشد ولی در ژنوم گیاهی تکرارهای n(AT) و n(A) حداثر هستند (n تعداد تکرار می باشد). میکروستلیت ها در ژنوم پستانداران خیلی زیادتر هستند. این گروه مارکرها پلی مورفیزم بسیار زیادی دارند و از طرفی هم بازر نیز هستند. ویژگی دیگر آنها این است که چنانچه پیوستگی ژنی بایک مارکر میکروستلیت تایید شود در واقع آن ژن نقشه یابی نیز شده است.

STMS، STR، RAMP، RAMPO، MP-PCR، SAMPLE و ... مارکرهایی هستند که بر اساس میکروستلیت ها طراحی شده اند. این مارکرها خیلی شبیه به هم هستند و فقط در موارد کوچکی اختلاف دارند. سعی شده است که خصوصیات مفید مارکرهای دیگر را با میکروستلیت ها تلفیق کنند تا کارآیی سیستم مارکری افزایش یابد. مثلا مارکر RAMP تلفیقی از SSR و RAPD است.SAMPLE که شاید قوی ترین مارکر در این گروه باشد تلفیقی از SSR و AFLP می باشد.

کارآیی این گروه مارکری توسط Gupta در سال 2000 در مورد گندم به طور مفصل بررسی شده است.

کاربرد مارکرهای :DNA

1- توالی یابی ژنوم: شاید مهمترین کاربرد مارکرها باشد. از آنجا که ژنوم یوکاریوت ها خیلی بزرگ است برای توالی یابی آن باید ژنوم را به قطعات خیلی کوچک تقسیم کرد و هر قطعه را جداگانه توالی یابی نمود. لذا باید روی DNA نقاط معیاری وجود داشته باشد تا بتوان بر اساس آنها نتایج حاصل از توالی یابی قطعات را کنار هم چید. این معیارها می توانند همان مارکرها باشند (Brown,1999).

2- Gene tagging: عبارتست از یافتن پیوستگی بین صفت مورد نظر با یک مارکر. این امر با بررسی تقرق هم زمان (Cosegregation) صفت و مارکر تحقق

می یابد.

3- Gene mapping: عبارتست از تعیین محل یک ژن روی کروموزوم.

4- بررسی روابط خویشاوندی: با استفاده از پلی مورفیزم مارکری می توان افراد مختلف را از هم متمایز ساخت. این مورد بیشتر در مطالعات فیلوژنتیکی و تعیین مبدا تنوع اهمیت دارد.

5- تعیین گروه های هتروتیک: در تهیه بذر هیبرید تعیین لاین های اینبرد والدینی اهمیت زیادی دارد. این والدین باید طوری انتخاب شوند که تعداد هتروزیس حداکثر باشد. مقدار هتروزیس به میزان غالبیت در هر لوکوس و فاصله ژنتیکی والدین بستگی دارد. این فاصله ژنتیکی را می توان از آنالیز کلاستری که با استفاده از پلی مورفیزم مارکری در بین اینبرد لاین های مختلف به دست می آید، تعیین کرد و بهترین اینبردها را انتخاب نمود.

6- انتخاب به کمک مارکر (MAS)

مهم ترین کاربرد مارکرها در اصلاح نباتات است. هدف این است که بتوان صفت مورد نظر را با واسطه مارکر پیوسته با صفت، انتخاب کرد. این مساله بسیار مهم است چرا که اگر پیوستگی یک مارکر با ژن مورد نظر تایید شود آنگاه می توان در هر مرحله ای از رشد گیاه و در هر محیطی اقدام به گزینش نمود.

اغلب صفات مهم زراعی مثل عملکرد، مقابله با خشکی و شوری و ... صفاتی کمی هستند که توسط لکوس های کمی (QTL) کنترل می شوند. لذا امروزه در پروژه های اصلاحی سعی بر نقشه یابی QTLها است تا بتوان از آنها در MAS استفاده کرد.

7- حفظ ذخایر ژنتیکی: به کمک مارکرها می توان تنوع ژنتیکی موجود را بررسی کرد و در حفظ و سازماندهی آن اقدام نمود.

منبع:

Brown T.A, 1999 . Genome. BIOS. publisher

نویسنده: امیر سالار سید رزاقی

 




بیومتری علمی است كه از مفاهیم وروشهای آماری برای مطالعه مسائل بیولوژیكی استفاده میكند . به همین صورت ژنتیك بیومتری شاخه ای از ژنتیك است كه پیرامون وراثت صفات كمی با استفاده از مفاهیم وروشهای آماری بحث می كند . ژنتیك بیومتر ی را ژنتیك كمی نیز می گویند . 

انواع روشهای آماری مورد استفاده :

- تجزیه میانگین

- تجزیه واریانس

- تجزیه کورولاسیون(تجزیه همبستگی)

- تجزیه رگرسیون

- تجزیه تابع تشخیص

- تجزیه کلاستر(تجزیه خوشه ای)

- تجزیه به مولفه های اصلی

- تجزیه علیت

- تجزیه به عاملها و ...

 


 گستردگی‌و تنوع‌ کاربردهای‌ بیوتکنولوژی‌، تعریف‌ و توصیف‌ آنرا کمی‌ مشکل‌ و نیز متنوع‌ساخته‌ است‌.

 برخی‌ آنرا مترادف‌ میکروبیولوژی‌ صنعتی‌ واستفاده‌ از میکروارگانیسم‌ها می‌دانند و برخی‌ آنرا معادل‌ مهندسی‌ ژنتیک‌ تعریف‌می‌کنند به‌همین‌ دلیل‌ در اینجا مختصراً اشاره‌ای‌ به‌ تعاریف‌ متفاوت‌ ازبیوتکنولوژی‌ می‌کنیم‌ که‌ البته‌ دارای‌ وجوه‌ اشتراک‌ زیادی‌ نیز هستند: 
ـ بیوتکنولوژی‌ مجموعه‌ای‌ از متون‌ و روشها است‌ که‌ برای‌ تولید، تغییر و اصلاح‌فراورده‌ها، به‌نژادی‌ گیاهان‌ و جانوران‌ و تولید میکروارگانیسم‌ها برای‌کاربردهای‌ ویژه‌، از ارگانیسم‌های‌ زنده‌ استفاده‌ می‌کند.
 ـکاربرد روشهای‌ علمی‌ و فنی‌ در تبدیل‌ بعضی‌ مواد به‌ کمک‌ عوامل‌ بیولوژیک‌(میکروارگانیسم‌ها، یاخته‌های‌ گیاهی‌ و جانوری‌ و آنزیم‌ها) برای‌ تولید کالاها وخدمات‌ در کشاورزی‌، صنایع‌ غذائی‌ و دارویی‌ و پزشکی‌

 ـمجموعه‌ای‌ از فنون‌ و روشها که‌ در آن‌ از ارگانیسم‌های‌ زنده‌ یا قسمتی‌ از آنهادر فرایندهای‌ تولید، تغییر و بهینه‌سازی‌ گیاهان‌ و جانوران‌ استفاده‌ می‌شود.

 ـکاربرد تکنیکهای‌ مهندسی‌ ژنتیک‌ در تولید محصولات‌ کشاورزی‌، صنعتی‌، درمانی‌ وتشخیص‌ باکیفیت‌ بالاتر و قیمت‌ ارزانتر و محصول‌ بیشتر و کم‌ خطرتر

 ـاستفاده‌ از سلول‌ زنده‌ یا توانائیهای‌ سلول‌های‌ زنده‌ یا اجزای‌ آنها و فرآوری‌و انتقال‌ آنها به‌صورت‌ تولید در مقیاس‌ انبوه‌

 ـبهره‌برداری‌ تجاری‌ از ارگانیسم‌ها یا اجزای‌ آنها

 ـکاربرد روشهای‌ مهندسی‌ ژنتیک‌ در تولید یا دستکاری‌ میکروارگانیسم‌ها وارگانیسم‌ها

 ـ علم‌ رام‌کردن‌ و استفاده‌ از میکروارگانیسم‌ها در راستای‌ منافع‌ انسان‌

 ـتعاریف‌ بالا از بیوتکنولوژی‌ هرکدام‌ به‌تنهائی‌ توصیف‌ کاملی‌ از بیوتکنولوژی‌نیست‌ ولی‌ با قدر مشترک‌ گرفتن‌ از آنها می‌توان‌ به‌ تعریف‌ جامعی‌ ازبیوتکنولوژی‌ دست‌ یافت‌.

 براستی‌ چرا چنین‌ است‌؟ هرچند که‌ با مرورزمان‌ دانشمندان‌ به‌ مفاهیم‌ مشترکی‌ در مورد تعریف‌ بیوتکنولوژی‌ نزدیک‌ شده‌انداما چرا هر متخصص‌ و دانشمندی‌ تعریف‌ جداگانه‌ای‌ از بیوتکنولوژی‌ ارائه‌ می‌دهدکه‌ درجای‌ خود نیز می‌تواند صحیح‌ باشد (نه‌ الزاماً جامع‌).

 علت‌ این‌ حقیقت‌ را باید درماهیت‌ بیوتکنولوژی‌جُست‌.

 بیوتکنولوژی‌ همانند زیست‌ شناسی‌، ژنتیک‌ یامهندسی‌ بیوشیمی‌ یک‌ علم‌ پایه‌ یا کاربردی‌ نیست‌ که‌ بتوان‌ محدوده‌ و قلمروآنرا بسادگی‌ تعریف کرد. بیوتکنولوژی‌ شامل‌ حوزه‌ای‌ مشترک‌ از علوم‌ مختلف‌ است‌که‌ در اثر همپوشانی‌ و تلاقی‌ این‌ علوم‌ بایکدیگر بوجود آمده‌ است‌. بیوتکنولوژی‌معادل‌ زیست‌ شناسی‌ مولکولی‌، مهندسی‌ ژنتیک‌، مهندسی‌ شیمی‌ یا هیچ‌ یک‌ از علوم‌سنتی‌ و مدرن‌ موجود نیست‌؛ بلکه‌ پیوند میان‌ این‌ علوم‌ در جهت‌ تحقق‌ بخشیدن‌به‌ تولید بهینه‌ یک‌ محصول‌ حیاتی‌ (زیستی‌) یا انجام‌ یک‌ فرآیند زیستی‌ بروشهای‌نوین‌ و دقیق‌ با کارآئی‌ بسیار بالا می‌باشد.

 بیوتکنولوژی‌ را می‌توان‌ به‌ درختی‌ شبیه‌ کردکه‌ ریشه‌های‌ تناور آنرا علومی‌ بعضاً با قدمت‌ زیاد مانند زیست‌ شناسی‌ بویژه‌زیست‌ شناسی‌ مولکولی‌، ژنتیک‌، میکروبیولوژی‌، بیوشیمی‌، ایمونولوژی‌، شیمی‌،مهندسی‌ شیمی‌، مهندسی‌ بیوشیمی‌، گیاه‌شناسی‌، جانورشناسی‌، داروسازی‌، کامپیوترو... تشکیل‌ می‌دهند لیکن‌ شاخه‌های‌ این‌ درخت‌ که‌ کم‌ و بیش‌ به‌ تازگی‌ روئیدن‌گرفته‌اند و هرلحظه‌ با رشد خود شاخه‌های‌ فرعی‌ بیشتری‌ را به‌وجود می‌آورند بسیارمتعدد و متنوع‌ بوده‌ که‌ فهرست‌ کردن‌ کامل‌ آنها در این‌ نوشته‌ را ناممکن‌می‌سازد.

 تقسیم‌بندی‌ بیوتکنولوژی‌ به‌ شاخه‌های‌ مختلف‌نیز برحسب‌ دیدگاه‌ متخصصین‌ و دانشمندان‌ مختلف‌ فرق‌ می‌کند و در رایجترین‌تقسیم‌بندی‌ از تلاقی‌ و پیوند علوم‌ مختلف‌ با بیوتکنولوژی‌ استفاده‌ می‌کنند ونام‌ شاخه‌ای‌ از بیوتکنولوژی‌ را بدین‌ترتیب‌ وضع‌ می‌کنند. مانند بیوتکنولوژی‌پزشکی‌ که‌ از تلاقی‌ بیوتکنولوژی‌ با علم‌ پزشکی‌ بوجود آمده‌ است‌ یابیوتکنولوژی‌ کشاورزی‌ که‌ کاربرد بیوتکنولوژی‌ در کشاورزی‌ را نشان‌ می‌دهد. بدین‌ترتیب‌ می‌توان‌ از بیوتکنولوژی‌ داروئی‌PharmaceuticalBiotechnology بیوتکنولوژی‌میکروبی‌،MicrobialBiotechnology، بیوتکنولوژی‌ دریا MarineBiotech، بیوتکنولوژی‌ قضائی‌ یا پزشکی‌ قانونی‌ ForensicBiotech، بیوتکنولوژی‌ محیطی‌ EnvironmentalBiotech، بیوتکنولوژی‌ غذائی‌ foodand food stuffBiotech بیوانفورماتیک‌ Bioinformatic، بیوتکنولوژی‌ صنعتی‌ Industrial، بیوتکنولوژی‌ نفت‌ ...... بیوتکنولوژی‌ تشخیصی‌ و ... نام‌ برد.


مهرادفر خبر داد:


جام جم آنلاین: کنکور دکتری تخصصی سال 90 دانشگاه آزاد اسلامی به گفته معاون اجرایی مرکز آزمون دانشگاه آزاد 28 و 29 بهمن ماه برگزار می‌شود.

http://www.jamejamonline.ir/Media/images/1388/12/04/100868219097.jpg

محمدرضا مهرادفر در گفتگو با مهر با بیان این خبر گفت: 27 هزار نفر داوطلب دوره دکتری تخصصی با آزمون و بدون آزمون سال 90 دانشگاه آزاد اسلامی در موعد تعیین شده ثبت نام کرده‌اند که 23 هزار نفر از آنها داوطلب دوره دکتری تخصصی با آزمون و 4 هزار نفر متقاضی دوره دکتری تخصصی بدون آزمون هستند.

معاون اجرایی مرکز آزمون دانشگاه آزاد اسلامی افزود: 29 واحد دانشگاهی در 173 کد رشته برای دوره دکتری تخصصی با آزمون و بدون آزمون سال 90 دانشگاه آزاد اسلامی دانشجو می‌پذیرند. 

مهرادفر خاطرنشان کرد: تعداد رشته محل‌های دوره دکتری تخصصی دانشگاه آزاد در سال 90 نسبت به سال گذشته افزایش یافته است.


این وبلاگ یک مکان برای تبادل اطلاعات علمی دانشجویان بیوتکنولوژی و بیومتری است ، بنابراین لطفا راجع به موارد غیر مرتبط سئوال نفرمایید . مرسی


سلام دوستان به وبلاگ من خوش آمدید